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与之前的系列相比较来说，这一部对于玩家的自由度以及探索度更加重视。
概括为一句话来说，游戏讲述的就是刺客巴耶克与阿雅夫妻为去世的儿子报仇的故事。
公元前四十九年，埃及锡瓦的一批戴着面具的神秘人（上古维序者）绑架了锡瓦守护者巴耶克的儿子—卡慕，绑架的目的是为了让巴耶克说出利用伊甸圣物金苹果进入阿蒙神庙的先行者遗迹的方法，在巴耶克反抗的过程中，卡慕意外地死亡，自此开始，游戏主角巴耶克便开启了复仇计划。
在最开始准备复仇时，不难看出巴耶克的复仇是单一的，也就是刺杀了当年绑架儿子的两名面具人，初步的复仇成功让他感觉到十分愉悦。巴耶克在朋友的帮助下着手准备着刺杀下一名绑架儿子的面具人。
不得不提到的是，巴耶克的妻子阿雅在生下卡慕之后为了追随亚历山大暂别了一段时间，从这里可以看出，阿雅是一名具有明确的政治思想的女性角色。在小编看来，这也是后续她离开了巴耶克的原因。
由于上古秩序者（上文绑架卡慕的神秘人）流放了埃及艳后克里奥佩特拉，二者可以说是死对头，秉承着敌人的敌人便是朋友这一层关系，阿雅开始为克里奥佩特拉效力，寻求着各地群众人民的支持，在阿雅为埃及艳后效力的情况下同时也借助着她的势力继续调查着下一名要刺杀的敌人的信息。
后来，巴耶克在中间人的介绍下也结识了克里奥佩特拉，二者虽然目标不同，一个是为了儿子复仇，而另一个则是为了夺权，但他们的敌人是同一个，再加上妻子的苦心劝说，巴耶克终于同意与埃及艳后联手，接应信物，成为了全埃及的守护者。
这里的联手在小编看来是为了后期他们二者的反目留下了一个小小的伏笔，因为在细节中不难发现埃及艳后克里奥佩特拉对于权力的渴望大于她心中对于其他事物以及人物的情感。
接着，随着巴耶克的奔走与努力，他接连刺杀了两名上古维序者，故事的这里到达了一个小小的转折点，也就是自此开始，埃及艳后与托勒密十三世宣布正式开战，此时埃及艳后方面战况并不是十分乐观，因此克里奥佩特拉决定将目光放在凯撒的身上，在她的努力下，凯撒也加入了克里奥佩特拉的阵营。巴耶克夫妇与克里奥佩特拉以及凯撒几人的共同联手使托勒密十三世节节败退，最后葬身于鳄鱼腹，克里奥佩特拉终于达到了自己的目的——夺回法老之位。
故事到这里结束了一部分，也就是关于女王的复仇这一条线结束，按照正常的思维来想，也许女王会帮助为她立下汗马功劳的守护者巴耶克，可她偏偏没有，这一情节也带有了一些讽刺意味。对于掌权者来说，不管是追随者还是合作者，没有什么比权利更加重要，女王和凯撒同时也不例外。
那么此时在对巴耶克心境的理解上，小编还是与一些玩家有所不同的，小编认为对于埃及艳后和凯撒的背叛，巴耶克的内心是有所准备的，相比之下阿雅在内心上受到的伤害更为强烈，毕竟对于巴耶克来说，从最开始，他便没有把全部的信任交给埃及艳后。
此后便是第二阶段夫妻二人对于女王的复仇，当然，这两个阶段是小编在了解了整体游戏梗概后按照自己的想法划分而出的，也是从这里开始，整个游戏的故事背景有了一定的升华。
故事到现在，虽然巴耶克的复仇已经结束，但是人民的反抗还没有结束，阿雅并不想停下自由的脚步，她想将余生奉献给自己更加崇高的理想，也就是人民的自由亦或是推翻女王管理下的腐败统治，夫妻二人自此分别，此去无归期。
在游戏的可玩性方面，小编与大多数玩家的观点是相同的，为什么会认为《刺客信条：起源》是最值得玩的一部，因为从其中，我们能够感受到的不仅仅有巴耶克心境的变化，更能感受到古埃及政治局势
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