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时空抄来现成的方案，再根据本时空现实情况进行了一定的改动。农垦兵团各级，均实政军一体的特殊管理体制，大致以一个中队为一个行政村，一个大队为一个乡，一个联队为一个县。作为湾地区目前只设一个旅团建制，目前只下辖一个联队，待垦殖面积扩大，人口增加之后再行扩编新的联队。
农垦兵团实行“全民皆兵”制度，所有青壮年男子都编入民兵。每个屯居点均编练基干民兵队，配备武器。另外在联队和旅团驻地各设一个直属武装中队，由国民军改编而来，作为台湾农垦兵团的机动兵力。