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哈齐事件开启了女真内生嫌隙的开端，努尔哈赤最起对码阿敏、济尔哈朗和旧部属下有所顾忌。
朱由校专门宣诏军机枢密处大臣们，面对他们慷慨的宣布，“三月初六大军北伐，调京师第一军、第二军、第三军为主军，其处在战备状态，作为后备力量随时待命出关；山海关李如柏、祖大寿部为从军，从山海关出关北上，皮岛曹文诏为偏师，相机而动牵制努尔哈赤后方。卢象升整军与宣大一线，佯兵而动，牵制察哈尔林丹汗及漠南蒙古诸部，防止他们与努尔哈赤联手，威胁北伐大军侧翼。朕将御驾亲征，袁崇焕为兵马大元帅，信王朱由检监国，徐光启留人内阁，孙承宗兼任督师蓟辽、登、莱，驻守山海关。”
北伐大事定下后，朱由校又对孙承宗说：“拟订的《士兵优待条例》和《士兵等级管理》七日内下发全军，要传达到每一位将士，朕要毕其功于一役，此次北伐誓灭女真，光复辽东故土，朕不仅要军备齐全，还要将士们士气高涨，养兵千日用兵一时，他们建功立业的时机到了，诸位要齐心协力，助朕完成中兴大明的重任！”
诸臣俯首齐道：“陛下英明神武，诛灭建奴，一统天下，中兴大明！”
朱由校抑制不住内心的兴奋，仰面长笑，七年了，经过七年的努力，他终于有了平定辽东的实力。