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明年发生的己巳之变，觉得无论还会不会发生，京营都需要整训，至少要有守城能力。
所以他打算严加整训京营，去年任命抚宁侯朱国弼担任神机营提督，就是在为这个做准备。
但是朱国弼整顿神机营的效果，不能让他满意。朱由检思索之后，觉得还是要用文官打破当前京营的格局，遂道：
“专督京营侍郎，改为京营护军使，兼任兵部侍郎。”
“袁卿有没有人选推荐？”
袁可立早就和左副都御史李邦华商议过，属意他担任此职。李邦华闻言立刻站出，陈述治军方略：
“京营之弊，首在虚冒占役。”
“臣以为当裁虚冒、清占役、补军伍，使京营的士兵，能按定额满员。”
“再则节马差、省马军、炼神器、习飞石，使京营之军，参照新军编练。”
徐光启练新军的事情，京城官员多有关注。如今在训练了数月后，渐有强军气象，得到很多官员称赞。
李邦华的治军方略，便有学习新军之处。再加上他勇于任事，敢提出裁虚冒、清占役，这让朱由检颇为赞赏，说道：
“李卿在京营上用心了，这个京营护军使，朕看你可以胜任。”
“按护军使推举办法，由朝廷九卿廷推，兼任兵部右侍郎。”
把这个职位从之前需要大臣廷推的侍郎，转为九卿廷推的护军使，以便能更好把控，以后调换人选。
群臣因为专督京营侍郎一直以来的空缺，急着让文官担任此职，所以也没有纠缠这一点。李邦华在袁可立等人推荐下，成为京营护军使。
然后他又提议，请求从户部、兵部、工部各派遣一员主事到京营任职，把钱粮、兵马、器甲的事情，尽皆由文官负责。
朱由检虽然觉得这样或许有好处，却还是毫不犹豫地否决。他不能让京营的权力，完全被六部掌握。
对于失望的李邦华，朱由检安抚道：
“京营护军使可成立护军司，与地方护军府分成三署不同。护军司仿照锦衣卫南司房，设立司务厅、职官厅、后勤厅、装备厅、训练厅，由护军校尉负责，京营护军使直管。”
“以后京营的日常事务、官员升降、编制员额、后勤装备、训练动员，都要经过护军司。”
“各厅负责的护军校尉，和六部相关衙门对接。”
没有使用文官，而是用文职军官替代。
李邦华对于这个变通也能接受，欣喜地接受旨意。下决心要整顿好京营，不负皇帝信任。
兵部的职位任命后，剩下的就是刑工二部。刑部尚书侍郎，没有发生改变。
工部尚书薛凤翔，继续得到留任。署理右侍郎的张文郁，因为建新城的功劳，重新转为实任。
被朱由检属意负责商务司的工部左侍郎，被群臣廷推两广总督商周祚担任。
至此，京城六部的尚书侍郎，终于彻底满员，再也没有空缺。
南京六部尚书，在韩日缵和李长庚被调到京城、黄克缵一再请求致仕的情况下，同样被大规模调换。
黄克缵空出来的南京兵部尚书，被朱由检属意的南京户部尚书崔景荣转任。
崔景荣空出来的南京户部尚书，被群臣廷推应天巡抚、也就是现在的江南巡抚李待问转任。
韩日缵空出来的南京礼部尚书，被群臣廷推曾经担任此职、此时在京城闲住的钱象坤担任。
南京刑部尚书潘浚因病离职，被群臣廷推胡应台接任。胡应台是湖广浏阳军籍进士，曾经担任两广总督、南京刑部尚书，如今被重新起复。
李长庚空出来的南京工部尚书，被群臣廷推南京兵部左侍郎张凤翔担任。他空出来的位子，被群臣廷推原任陕西巡抚、兵部右侍郎孙居相担任。
两人都是属于
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